Quyết định nêu rõ, Ban chỉ đạo là tổ chức phối hợp liên ngành giúp Thủ tướng Chính phủ nghiên cứu, chỉ đạo, phối hợp giải quyết những công việc quan trọng liên quan đến việc xây dựng, thực hiện Đề án chủ trương đầu tư đường sắt tốc độ cao trên trục Bắc - Nam và các dự án đường sắt quốc gia thuộc tiêu chí dự án quan trọng quốc gia (không bao gồm các dự án đường sắt đô thị).
Ban chỉ đạo do Phó Thủ tướng Trần Hồng Hà làm Trưởng Ban; Phó trưởng ban thường trực là Bộ trưởng Bộ GTVT Nguyễn Văn Thắng; các Phó trưởng ban gồm: Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư Nguyễn Chí Dũng; Bộ trưởng Bộ Tài chính Hồ Đức Phớc; Bộ trưởng, Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ Trần Văn Sơn. Các Ủy viên Ban chỉ đạo là đại diện lãnh đạo các bộ, cơ quan có liên quan.
Các cơ quan có thành viên tham gia Ban chỉ đạo sử dụng bộ máy hiện có của mình để thực hiện nhiệm vụ giúp việc cho Ban chỉ đạo, hoạt động theo chế độ kiêm nhiệm.
Ban chỉ đạo có nhiệm vụ chỉ đạo, đôn đốc các bộ, ngành, cơ quan liên quan thực hiện thành công Kết luận số 49-KL/TW ngày 28/02/2023 của Bộ Chính trị về đầu tư đường sắt tốc độ cao trên trục Bắc - Nam và các dự án đường sắt quan trọng quốc gia; đề xuất với Thủ tướng phương hướng, giải pháp, cơ chế, chính sách tháo gỡ vướng mắc, huy động nguồn lực, đẩy nhanh tiến độ, tổ chức thực hiện thành công Đề án.
Đồng thời giúp Thủ tướng chỉ đạo, đôn đốc, điều hòa, phối hợp giữa các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ trong việc giải quyết những vấn đề quan trọng liên quan đến việc thực hiện Đề án.
Ngoài ra, Ban chỉ đạo được mời các tổ chức, chuyên gia, nhà khoa học tư vấn trong quá trình chỉ đạo thực hiện Đề án chủ trương đầu tư đường sắt tốc độ cao trên trục Bắc - Nam và các dự án đường sắt quan trọng quốc gia. Thực hiện các nhiệm vụ cụ thể khác do Thủ tướng giao liên quan đến việc xây dựng, thực hiện Đề án chủ trương đầu tư đường sắt tốc độ cao trên trục Bắc - Nam và các dự án đường sắt quan trọng quốc gia.
Bộ GTVT được giao là cơ quan thường trực của Ban chỉ đạo, xây dựng Quy chế hoạt động của Ban chỉ đạo trình Trưởng ban chỉ đạo ký ban hành; giúp Trưởng ban chỉ đạo trong việc xây dựng kế hoạch, chương trình công tác của Ban chỉ đạo; chuẩn bị tài liệu, báo cáo và dự thảo thông báo kết luận của các cuộc họp định kỳ hoặc đột xuất của Ban chỉ đạo; tổng hợp, báo cáo các hoạt động chung của Ban chỉ đạo và thực hiện một số nhiệm vụ khác do Trưởng ban chỉ đạo giao.