Theo nội dung Kết luận thanh tra. Năm 2003, Công ty Cổ phần Xe khách Bắc Giang có đơn xin thuê đất tại cánh đồng 3, ngã tư Cao Thượng, huyện Tân Yên. Chủ tịch UBND tỉnh Bắc Giang ban hành quyết định cho công ty Cổ phần Xe khách Bắc Giang thuê đất và cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, với diện tích 4.725m2, mục đích sử dụng là đất xây dựng, thời hạn sử dụng 30 năm.
Năm 2016, Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Bắc Giang đã tiến hành thanh tra việc quản lý, sử dụng đất của Công ty Cổ phần Xe khách Bắc Giang tại thị trấn Cao Thượng, huyện Tân Yên, qua đó phát hiện nhiều sai phạm.
Cụ thể: Trong quá trình sử dụng đất, công ty Cổ phần Xe khách Bắc Giang đã cho ông Trần Minh Khải và ông Dương Văn Thanh góp vốn xây dựng nhà dịch vụ và cho Doanh nghiệp tư nhân Anh Quất thuê, sau đó bán lại một phần tài sản gắn liền với quyền sử dụng đất trên diện tích 1.667m2 để sử dụng làm phòng khám bệnh, dịch vụ nhà hàng ăn uống, không đúng với mục đích được xác định theo quyết định cho thuê đất của UBND tỉnh Bắc Giang, vi phạm quy định tại Điều 15, Luật Đất đai năm 2013.
Sau đó, công ty Cổ phần Xe khách Bắc Giang đã có văn bản trả lại một phần diện tích đất dịch vụ thương mại tại Bến xe khách Cao Thượng, Tân Yên với lý do kinh doanh không có hiệu quả. UBND tỉnh đã thu hồi 1.680,7m2 đất từ Công ty Cổ phần Xe khách Bắc Giang để giao cho Trung tâm Phát triển quỹ đất và Cụm công nghiệp huyện Tân Yên quản lý theo quy định.
Cũng theo Kết luận thanh tra, tại thời điểm thanh tra, Dự án Bến xe khách Cao Thượng đã đi vào hoạt động. Tuy nhiên, nhà đầu tư không thực hiện chế độ báo cáo hàng quý, hàng năm theo quy định tại khoản 2 Điều 71 Luật Đầu tư năm 2014; chế độ báo cáo hàng quý, hàng năm theo quy định tại khoản 2 Điều 72 Luật Đầu tư năm 2020 và việc thực hiện báo cáo giám sát, đánh giá dự án theo quy định tại khoản 8 Điều 100 Nghị định số 29/2021/NĐ-CP ngày 26/3/2021 của Chính phủ.
Thanh tra tỉnh cũng phát hiện nhiều vi phạm về xây dựng tại dự án. Cụ thể, công ty Cổ phần Xe khách Bắc Giang được UBND huyện Tân Yên cấp Giấy phép xây dựng số 13/GPXD ngày 11/11/2003, số 16/GPXD ngày 23/5/2004 để thực hiện xây dựng các công trình thuộc Dự án Bến xe khách Cao Thượng, bao gồm cửa hàng bán lẻ xăng dầu, nhà bán hàng dịch vụ và nhà nghỉ công nhân.
Qua kiểm tra thực tế và đối chiếu với hồ sơ đã được cấp phép xây dựng, Thanh tra tỉnh Bắc Giang đã chỉ rõ một số vi phạm như: phần bán mái không có trong giấy phép xây dựng đã được cấp, nhà bảo vệ có diện tích xây dựng lớn hơn so với giất phép xây dựng đã được cấp. Bán mái toàn bộ khu vực nhà để xe không có trong giấy phép xây dựng đã được cấp.
Các thiếu sót, sai phạm được nêu trong Kết luận thanh tra, Thanh tra tỉnh Bắc Giang chỉ rõ trách nhiệm thuộc về Công ty Cổ phần xe khách Bắc Giang, Sở Kế hoạch và Đầu tư tỉnh Bắc Giang, Sở Xây dựng tỉnh Bắc Giang và UBND huyện Tân Yên.
Trên cơ sở đó, Thanh tra tỉnh Bắc Giang đề nghị Giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư theo thẩm quyền chỉ đạo cơ quan chức năng kiểm tra, xem xét, hoàn thiện các thủ tục tiến hành xử phạt vi phạm hành chính đối với Công ty Cổ phần Xe khách Bắc Giang về hành vi không thực hiện chế độ báo cáo hoạt động đầu tư, báo cáo giám sát, đánh giá đầu tư định kỳ theo quy định.
Thanh tra tỉnh đề nghị Chủ tịch UBND huyện Tân Yên chỉ đạo cơ quan chuyên môn thiết lập hồ sơ buộc Công ty Cổ phần Xe khách Bắc Giang khắc phục hậu quả vi phạm. Giám đốc Công ty Cổ phần xe khách Bắc Giang nghiêm túc rút kinh nghiệm trong việc để xảy ra các tồn tại, vi phạm nêu trên; đồng thời tháo dỡ các công trình vi phạm sai phép, không phép.